学校设有临床医学院（全科医学院）、口腔医学院、医学技术学院、护理学院、公共卫生与健康管理学院、药学院、公共基础学院、基础医学院、马克思主义学院、第一临床学院、国际教育学院等11个学院，以及安徽省全科医学培训中心、安徽省卫生职工培训中心、安徽省遗传医学中心等多个教育培训与科研机构。设置“医、药、护、技、管”五大类招生专业20个，有中国特色高水平专业群1个，国家级骨干专业4个，省级特色专业11个。建有国家级智慧医学虚拟仿真实训基地（培育）1个、国家职业教育“双师型”教师培养培训基地2个、国家级校企共建生产性实训基地2个、中央财政支持建设实训基地2个、省级示范实训中心7个，省级创新创业学院1个。有直属附属医院（安徽省第二人民医院）1所、直属附属口腔医院1所、非直属附属医院9所、教学医院20余所、实习基地192个。
